６月30日，派遣情報活動水上部隊の護衛艦“たかなみ”が横須賀に帰投した。本艦は２月２日に同地を出港し，中東における日本関係船舶の安全確保のため情報収集活動を行なっていたもの。
７月18〜30日，海上自衛隊は令和２年度機雷戦訓練（陸奥湾）および掃海特別訓練（日米共同訓練）を実施する。参加部隊は海上自衛隊が艦艇15隻（掃海母艦２隻，掃海艦２隻，掃海艇11隻），航空機８機（MCH-101掃海・輸送ヘリコプター３機，P-3C哨戒機３機，P-1哨戒機２機），米海軍が艦艇２隻（掃海艦２隻）であった。主要訓練項目は訓練機雷を使用しての機雷敷設訓練，掃海訓練および潜水訓練である。
令和２年度（2020年度）遠洋航海（前期）に参加中の練習艦“かしま”“しまゆき”は，６〜７月に各国海軍と訓練を行なった。主な訓練項目は，すべて戦術運動と通信訓練であった。 ▷６月22日，南シナ海で，シンガポール海軍のフリゲイト，ストルワートStalwartと親善訓練を実施。 ▷６月23日，南シナ海で，米海軍の沿海域戦闘艦ガブリエル・ギフォーズGabrielle Giffords LCS-10と日米共同訓練を実施。 ▷６月28日，インド洋で，インド海軍の駆逐艦ラナRana，コルベットのクリッシュKulishと親善訓練を実施。 ▷７月７日，南シナ海で米海軍の空母ロナルド・レーガンRonald Reagan CVN-76，駆逐艦マスティンMustin DDG-89と日米共同訓練を実施。
６月15日，護衛艦“かが”は，関東南方の海空域で，米陸軍のUH-60Lヘリコプターと，日米共同訓練を実施した。訓練項目は発着艦訓練であった。
５月25日の政府による新型コロナウイルスに対する緊急事態宣言解除後も，自衛隊は各都道府県知事らの要請に応じて各種支援を行なってきたが，その活動規模は６月以降大幅に縮小され，７月４日現在は必要に応じて支援を行なう態勢へと移行している。
６月15日，河野防衛大臣はイージス・アショアの配備計画を停止すると公表したが，その後政府は同24日の国家安全保障会議において山口県と秋田県へのイージス・アショア配備断念を決定した。 なお河野大臣は，16日の衆議院安全保障委員会で，イージス・アショアに替わる計画として，BMD能力を持つイージス艦を新たに追加建造する選択肢も考えられると述べた。 各種報道などによると，現在，政府内ではイージス・アショア向けに契約したSPY-7レーダーやシステムなどを利用して，イージス艦２隻を建造する案などを含めて，さまざまな案が検討中とされる。イージス艦増勢の場合，２隻で約4,000億円といわれる高額な建造費と，その乗員確保の問題などもあり，今後の動向が注目される。
７月４〜８日，日本付近に停滞した梅雨前線の影響で，各地で猛烈な雨が降り続き，特に記録的な豪雨に見舞われた九州地方では，８日現在，河川の氾濫や土砂災害などにより，死者57名，心肺停止４名，行方不明者16名を出す甚大な被害が生起した。これに対し自衛隊は，陸上自衛隊西部方面隊を基幹とする20,000名態勢をもって災害派遣活動を実施。７月８日の時点で，現地において，人員約3,750名，航空機29機（ヘリコプター27機，固定翼機２機）が人命救助，給水支援などの活動を実施している。
ジブチにおける新型コロナウイルスの感染拡大により，第38，39次派遣海賊対処行動航空隊は，４月下旬に使用する機体のみを人員に先行して交代させていた。その後，ジブチ政府との調整がまとまり，第39次隊の要員は６月18日にわが国を出国，第38次隊の要員は７月９日にジブチから帰国する。
６月１日，海上自衛隊は，海賊対処派遣任務からの帰途エンジン不具合のためベトナムに駐機しているP-3Cの修理のため，修理要員を現地に派遣した。故障機は６月中〜下旬に必要な整備を行なったうえ，帰国の予定。
６月９日，練習艦“かしま”“しまゆき”から成る令和２年度練習艦隊（練習艦隊司令官八木浩二海将補）が，遠洋練習航海（前期）のため，呉を出港した。２隻には第70期一般幹部候補生課程修了者約155名（うち女性約10名）が分乗している。期間は７月22日までの44日間で，総航程は19,000キロ。本年度の遠洋航海は世界各地における新型コロナウイルスの感染状況を見極めつつ実施され，６月18日時点での前期航海の寄港予定国はシンガポール（チャンギ，補給のみ）のみで，帰投地は横須賀の予定。なお後期の遠洋練習航海については現時点で未定である。
各地で新型コロナウイルスの感染が縮小しつつあることを受けて，５月25日，政府は国内すべての地域における緊急事態宣言を解除した。しかしながら，宣言解除後もウイルスの感染危機が消え去ったわけではなく，また秋口には感染第２波の襲来も警戒されている。このような状況の中，自衛隊は宣言が解除された後も各都道府県知事らの要請に応じて，各種コロナ対策支援に従事する一方，感染対策に配慮しつつ，徐々に通常の訓練を再開している。
６月12日，令和２年度第２次補正予算が成立した。予算総額は31兆9,145億円で，うち防衛省所管額は63億円。内訳は①自衛隊の感染症対処能力のさらなる向上に７億円（CT診断車の整備，PCR検査機器等の医療用器材・消耗品の整備など），②自衛隊における感染症拡大の防止に56億円（サーモグラフィーの整備，隊舎の浴場等の衛生環境の改善など）。
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