ジブチにおける新型コロナウイルスの感染拡大により，第38，39次派遣海賊対処行動航空隊は，４月下旬に使用する機体のみを人員に先行して交代させていた。その後，ジブチ政府との調整がまとまり，第39次隊の要員は６月18日にわが国を出国，第38次隊の要員は７月９日にジブチから帰国する。
６月１日，海上自衛隊は，海賊対処派遣任務からの帰途エンジン不具合のためベトナムに駐機しているP-3Cの修理のため，修理要員を現地に派遣した。故障機は６月中〜下旬に必要な整備を行なったうえ，帰国の予定。
６月９日，練習艦“かしま”“しまゆき”から成る令和２年度練習艦隊（練習艦隊司令官八木浩二海将補）が，遠洋練習航海（前期）のため，呉を出港した。２隻には第70期一般幹部候補生課程修了者約155名（うち女性約10名）が分乗している。期間は７月22日までの44日間で，総航程は19,000キロ。本年度の遠洋航海は世界各地における新型コロナウイルスの感染状況を見極めつつ実施され，６月18日時点での前期航海の寄港予定国はシンガポール（チャンギ，補給のみ）のみで，帰投地は横須賀の予定。なお後期の遠洋練習航海については現時点で未定である。
各地で新型コロナウイルスの感染が縮小しつつあることを受けて，５月25日，政府は国内すべての地域における緊急事態宣言を解除した。しかしながら，宣言解除後もウイルスの感染危機が消え去ったわけではなく，また秋口には感染第２波の襲来も警戒されている。このような状況の中，自衛隊は宣言が解除された後も各都道府県知事らの要請に応じて，各種コロナ対策支援に従事する一方，感染対策に配慮しつつ，徐々に通常の訓練を再開している。
６月12日，令和２年度第２次補正予算が成立した。予算総額は31兆9,145億円で，うち防衛省所管額は63億円。内訳は①自衛隊の感染症対処能力のさらなる向上に７億円（CT診断車の整備，PCR検査機器等の医療用器材・消耗品の整備など），②自衛隊における感染症拡大の防止に56億円（サーモグラフィーの整備，隊舎の浴場等の衛生環境の改善など）。
掃海艇“のとじま”の除籍を受けて，６月12日に以下の艦艇の異動が行なわれた。 ▷掃海艇あいしま 掃海隊群第３掃海隊（呉）→舞鶴地方隊第44掃海隊（舞鶴）
６月12日付けで，舞鶴地方隊第44掃海隊所属の掃海艇“のとじま”が除籍された。本艇は“すがしま”型の２番艇として，平成11年３月16日に就役したもの。その後，昨年６月26日，広島県三原市沖の瀬戸内海で貨物船と衝突し，後部が大きくえぐれる損傷を受けていた。これまで海上自衛隊は本艇の修理を検討していたが，修理に見積もられる期間が約１年半と長期に及ぶうえ，費用も11億円に上ることから，早期の除籍を決定した。
６月17〜26日の日程で，海上自衛隊は令和２年度実機雷処分訓練を硫黄島周辺海域で実施している。参加部隊は掃海母艦“うらが”，掃海艦“あわじ”“ひらど”，掃海艇“えのしま”“ちちじま”“いずしま”“みやじま”“ししじま”。主要訓練項目は機雷掃海，機雷掃討，水中処分員による機雷処分。
６月15日，河野防衛大臣はイージス・アショアの導入計画を停止すると発表した。これはアショアから発射されるスタンダードSM-3ミサイルのブースターを，確実に演習場内に落下させるための改修に莫大なコストおよび期間が必要と判明したことによるもので，事実上の配備断念と見られる。
２月１～10日，海上自衛隊は平成30年度機雷戦訓練（伊勢湾）を実施した。参加部隊は艦艇16隻，人員約800名。主要訓練項目は訓練機雷を使用しての機雷敷設など。
１月11～12日，海上自衛隊は米海軍と共同巡航訓練を実施した。訓練は九州西方海域で行なわれ，参加艦艇は輸送艦“くにさき”，米強襲揚陸艦ワスプほか。
１月25日および27日，海上自衛隊のP-3C哨戒機はパキスタン海軍およびスリランカ海軍と共同訓練を実施した。
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