10月10日，第40次派遣海賊対処行動水上部隊の護衛艦“ゆうだち”が，大湊を出港した。同艦は新型コロナウイルス感染症対策として，日本近海で14日間の訓練などを行なった後，ソマリア沖のアデン湾に進出する。
9月28日，三菱重工が海上自衛隊向けに開発中の新哨戒ヘリコプターXSH-60L２機が，防衛装備庁に引き渡された。XSH-60Lは回転翼哨戒機（能力向上型）の名称で開発が進められていたもので，SH-60K をベースに，飛行性能改善や対潜システムの能力向上などが図られる。今後は海上自衛隊第51航空隊での性能確認試験を経て，令和５年度（2023年度）の開発完了と部隊配備を予定している。
９月28日〜10月１日，海上自衛隊は海上作戦センターおよび演習参加部隊などの所在地で，令和３年度海上自衛隊演習（図上演習〈日米共同演習〉）を実施した。参加部隊等は海自が自衛艦隊，佐世保地方隊，システム通信隊群，補給本部，アメリカが米海軍および米海兵隊。主要演練項目は上級指揮官の情勢判断，部隊運用要領等。
９月24日，若狭湾で，海上自衛隊は海上保安庁と不審船対処共同訓練を実施した。参加部隊は海自がミサイル艇“はやぶさ”，SH-60K哨戒ヘリコプター，水中処分母船１号，海上保安庁が巡視船“だいせん”“あさま”，巡視艇“あまかぜ”，回転翼機。訓練項目は重要施設に向かう不審船への対処を想定した，①情報共有訓練，②共同追跡・監視訓練，③停船措置訓練。
９〜10月，海上自衛隊は以下の日程で，米海軍と日米共同訓練を実施した。 ▷９月16日，米海軍横須賀基地で実施。参加部隊は海自がシステム通信隊群保全監査隊，米海軍が海軍情報作戦コマンド横須賀（NICO-Y：U.S. Navy Information Operations Command Yokosuka）。訓練項目はサイバー攻撃等対処。 ▷９月21日，日本海で実施。参加部隊は海自が護衛艦“みょうこう”，EP-3電子戦データ収集機，OP-3C画像データ収集機，UP-3D電子戦訓練支援機，米海軍がEA-18G電子戦機。訓練項目は防空戦，電子戦。 ▷９月18日〜10月１日，沖縄南方の海空域で実施。参加部隊は海自が護衛艦“ちょうかい”以下４隻，米海軍が空母カール・ヴィンソンCarl Vinson CVN-70以下４隻。訓練項目は防空戦，対潜戦，洋上補給，通信訓練など。
９〜10月，護衛艦“かが”を中核とする令和３年度インド太平洋方面派遣訓練（IPD21）部隊は，以下の日程で各国と訓練を行なった。 ▷９月13〜16日，バヌアツ周辺で実施。参加部隊は海自が護衛艦“しらぬい”，バヌアツ警察海上部隊がオペレーション・センター。主要訓練項目は通信訓練。 ▷９月17日，ニューカレドニア周辺の海空域で実施。参加部隊は海自が護衛艦“しらぬい”，ニューカレドニア駐留フランス軍が哨戒機。訓練項目は防空戦など。 ▷９月18日，オーストラリア北方海空域で実施。参加部隊は海自が護衛艦“かが”“むらさめ”，オーストラリア海軍が哨戒艇１隻。訓練項目は戦術運動など。 ▷９月24日，インド洋東方海空域で実施。参加部隊は海自が護衛艦“かが”“むらさめ”，ドイツ海軍がフリゲイト１隻。訓練項目は各種戦術訓練。 ▷９月29日，インド洋東方海空域で実施。参加部隊は海自が護衛艦“かが”“むらさめ”，米海軍が給油艦１隻。訓練項目は各種戦術訓練。 ▷10月６〜８日，インド西方海空域で実施。参加部隊は海自が護衛艦“
９〜10月，海上自衛隊は英空母クイーン・エリザベスQueen Elizabeth打撃群（CSG21）と以下の共同訓練を実施した。 ▷９月８〜９日，関東東方海空域で実施。参加部隊は海自が護衛艦“いせ”“いずも”，SH-60J/K哨戒ヘリコプター，MCH-101掃海・輸送ヘリコプター，空自がF-35A戦闘機，E-767早期警戒管制機，CSG21がクイーン・エリザベス以下６隻，F-35B戦闘機。訓練項目は戦術運動，通信訓練，発着艦訓練など。 ▷９月14〜15日，日本周辺海域で実施。参加部隊は海自が潜水艦１隻，英海軍が潜水艦１隻。訓練項目は対潜戦訓練。なお海自が英潜水艦と訓練を行なったのはこれが初めて。 ▷10月２〜3日，沖縄南西海空域で実施。参加部隊は海自が護衛艦“いせ”“きりしま”など３隻，米海軍が空母ロナルド・レーガンRonald Reagan CVN-76，カール・ヴィンソンCarl Vinson CVN-70以下６
10月３日，護衛艦“いずも”が四国沖で，米海兵隊所属のF-35B戦闘機２機の発着艦（垂直着艦，短距離発艦）に成功した。現在，同艦は令和２年度予算で31億円を投じてF-35B搭載化の第１段階を進めており，今後もさらに航空機をより適正に艦上運用するための努力が続けられる。
10月14日，川崎重工神戸工場で，平成30年度（2018年度）計画による“たいげい”型潜水艦の２番艦“はくげい”が進水した。同艦は平成31年１月25日に起工されていたもので，就役は令和５年（2023年）３月の予定である。
９月５日，中東における情報収集活動（第６次隊）のため，護衛艦“ふゆづき”が定係港の舞鶴を出港した。
海上自衛隊は，令和３年度第2回米国派遣訓練（潜水艦）のため，潜水艦“こくりゅう”をハワイ方面に派遣している。期間は９月15日〜12月15日で，訓練海域等は日本からハワイ諸島に至る海域および同諸島周辺海域，ハワイ州パール・ハーバー・ヒッカム統合基地。訓練項目は対潜戦訓練，施設利用訓練。
８月29日，アデン湾で，第39次派遣海賊対処行動水上部隊の護衛艦“ゆうぎり”が，ドイツ海軍フリゲイトのバイエルンBayernと日独共同訓練を行なった。主要訓練項目はクロスデッキ，戦術運動など。
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