BAEシステムズは米海軍から，光ファイバー経由で遠隔操作する使い捨て式の機雷処分具・アーチャーフィッシュを8,700万ポンド（1億1,054万ドル）で追加受注した。アーチャーフィッシュは，レイセオン・テクノロジーズが手掛けているAN/ASQ-235航空機雷無力化システム（AMNS：Airborne Mine Neutralization System）の一部で，AN/AQS-20A機雷探知ソナーとともにMH-60Sヘリコプターに搭載する。AMNSひとつにアーチャーフィッシュ4基を組み合わせる。
9月12日にハンティントン・インガルス社のニューポート・ニューズ造船所で，ヴァージニアVirginia級攻撃原潜の21番艦，モンタナMontana SSN-794の命名式が行なわれた。
ハンチントン・インガルス社（HII）のインガルス造船所で建造したアーレイ・バークArleigh Burke級の69番艦デルバートD.ブラックDelbert D. Black DDG-119の就役式典が，9月26日にフロリダ州ポート・カナベラルで挙行された。近年の通例で，COVID-19の感染拡大を防ぐために関係者限りのイベントになった。
米国家交通安全委員会（NTSB：National Transportation Safety Board）が9月3日に，米海軍の駆逐艦フィッツジェラルドFitzgerald DDG-62とコンテナ船ACXクリスタルACX Crystalの衝突事故について，安全勧告をリリースした。
７月30日，ジャパン マリンユナイテッド（JMU）は，防衛省から「新たな艦艇に関する調査研究」を受託した。研究内容はDDH，輸送艦および掃海母艦の機能を併せ持つ艦（いわゆる強襲揚陸艦に相当する艦と考えられる）についてとされ，契約額は 108万９千円であった。
９月16日，菅新内閣の発足に伴い，第21代防衛大臣に自民党の岸信夫衆議院議員が就任した。同氏は山口県出身，昭和34年４月１日生まれ（61歳），衆議院議員当選３回，参議院議員当選２回。福田改造内閣と麻生内閣で防衛大臣政務官，第２次および第３次安倍内閣で外務副大臣，衆議院安全保障委員長などを歴任している。
10月１日付けで海上自衛隊は，以下の組織改編を行なった。 ▷艦隊情報群の新編：上記海上作戦センター内に艦隊情報群が新編され，情報業務群が廃止された。艦隊情報群（約230名）には作戦情報隊，電磁情報隊が置かれ，情報業務群隷下にあった作戦情報支援隊，電子情報支援隊，基礎情報支援隊は廃止された。 ▷水上戦術開発指導隊の新編：海上訓練指導隊群隷下の誘導武器教育訓練隊を廃止し，新たに水上戦術開発指導隊を編成。 ▷水陸両用戦・機雷戦戦術支援隊を新編：掃海隊群隷下の掃海業務支援隊を廃止し，新たに水陸両用戦・機雷戦戦術支援隊を編成。同隊は従来の掃海業務支援に加え，水陸両用戦に関する戦術開発や機雷戦能力を持つ3,900トン型護衛艦（FFM）乗員の教育訓練なども担当する。 ▷第101掃海隊を解隊。 ▷対潜資料隊の海洋科を気象海洋情報科に，気象科を気象海洋予報科に改編。 ▷印刷補給隊を東京業務隊に統合。 ▷第31航空群隷下の第81航空隊と第91航空隊を，第81航空隊に統合。
10月１日，海上自衛隊横須賀基地の船越地区に新たに完成した海上作戦センターで，運用開始の記念式典が行なわれた。同センターには自衛艦隊司令部のほか，護衛艦隊，潜水艦隊，掃海隊群，海洋業務・対潜支援群，艦隊情報群の各司令部が集約的に配置されている。
海上自衛隊は，10月２日〜11月15日の日程で，敷設艦“むろと”を，令和２年度グアム島方面派遣訓練（敷設艦）に派遣している。訓練海域はグアム島周辺の海空域で，訓練項目は電纜敷設訓練。
９月12〜13日，グアム島周辺海空域で，令和２年度米国派遣訓練に参加中の護衛艦“いせ”“あしがら”は，アメリカ，オーストラリア，韓国海軍と日米豪韓共同訓練（パシフィック・ヴァンガード20）を実施した。
８月28日〜10月21日の日程で，令和２年度遠洋航海（後期）を実施している練習艦“かしま”は，９月28〜29日，ハワイ沖で米海軍の駆逐艦チャンフーンChung-Hoon DDG-93と共同訓練を実施した。
海上自衛隊は，９月７日〜10月17日の日程で，令和２年度インド太平洋方面派遣訓練に護衛艦“かが”“いかづち”を派遣したが，９月15日以降これに潜水艦“しょうりゅう”が加わった。 派遣部隊は期間中，各国海軍と下記の訓練を実施した。 ▷９月13〜17日：南シナ海で，オーストラリア海軍と共同訓練を実施。 ▷９月24日：コロンボ港周辺海空域で，スリランカ海軍と共同訓練（JA-LAN EX）を実施。 ▷９月26〜28日：インド西方海空域で，インド海軍と共同訓練（JIMEX）を実施。 ▷10月６日：南シナ海で，インドネシア海軍と親善訓練を実施。 なお上記訓練に海上自衛隊からは“かが”“いかづち”の２隻が参加し，“しょうりゅう”は10月９日に南シナ海で海上自衛隊が単独で行なった対潜戦訓練にのみ参加している。
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